События сериала «13 клиническая. Начало» разворачиваются в эпоху Советского Союза, когда интерес к сверхъестественным явлениям и потустороннему миру начинает набирать популярность. Америка и СССР вступают в своего рода гонку, и правительство Советского Союза решает опередить противника, ища врачей, готовых выйти за рамки традиционной медицины.

Среди тех, кто откликнулся на призыв, — психотерапевт Яна, которая недавно пережила тяжелую семейную драму и стремится преодолеть негативные последствия. Однажды ей поступает вызов в больницу, где необходимо спасти Брежнева, только что столкнувшегося с самим дьяволом. Во время сеанса выясняется, что ее сын находится в плену у Князя Тьмы. Чтобы вернуть ребенка, Яне предстоит занять пост главного врача в загадочной 13-й больнице.

Работа в этом направлении оказывается не только сложной, но и опасной. Тем не менее, Яна не собирается отказываться от своей миссии. С каждым днем она все глубже погружается в мир мистики, и темные силы начинают вырываться на поверхность.